学习经历
2011/9-2016/6 本科 哈尔滨医科大学 生物信息学（五年制)
2016/9-2022/6 硕博连读 同济大学 生物学 导师：刘琦教授
工作经历
2022/7-2024/11 博士后 同济大学/上海市东方医院 合作导师：刘琦教授
2024/12-至今 长聘教轨助理教授 开云网页登录
系统生物医学研究院
人才奖项
上海市扬帆计划
上海市超级博士后
学会兼职与审稿人
Nature methods, Genome Biology, Nature Communications, BMC bioinformatics审稿人
上海市药学会第一届人工智能药学专业委员会青年委员会委员
上海市生物信息学会会员
人工智能和系统生物学驱动的肿瘤精准医学，包括：
1. 肿瘤相关重要分子表型的刻画和预测算法开发（状态刻画）
2. 肿瘤微环境的分子机制解析（机制解析）
3. 肿瘤相关基因型，分子表型以及临床表型的关联及扰动分析（干预治疗）
Wang P X#, Zhong Y C#, Duan B#, et al. Exploring morphological heterogeneity of circulating tumor cells: machine learning-based approach for cell identification and prognostic implications[J]. Science Bulletin, 2025.
Wei Z#, Si D#, Duan B#, et al. PerturBase: a comprehensive database for single-cell perturbation data analysis and visualization[J]. Nucleic Acids Research, 2025, 53(D1): D1099-D1111.
Sun F#, Li H#, Sun D#, …, Duan B# et al. Single-cell omics: experimental workflow, data analyses and applications[J]. Science China Life Sciences, 2025, 68(1): 5-102. (封面文章)
Duan B, Chen S, Cheng X, et al. Multi-slice spatial transcriptome domain analysis with SpaDo[J]. Genome Biology, 2024, 25(1): 73.
Chen S#, Duan B#, Zhu C, et al. Privacy-preserving integration of multiple institutional data for single-cell type identification with scPrivacy[J]. Science China Life Sciences, 2023, 66(5): 1183-1195.
Duan B, Chen S, Chen X, et al. Integrating multiple references for single-cell assignment[J]. Nucleic acids research, 2021, 49(14): e80-e80.
Duan B, Zhu C, Chuai G, et al. Learning for single-cell assignment[J]. Science advances, 2020, 6(44): eabd0855.（入选“2020年度中国生物信息学十大进展”）
Duan B, Zhou C, Zhu C, et al. Model-based understanding of single-cell CRISPR screening[J]. Nature communications, 2019, 10(1): 2233.（入选“2019年度中国生物信息学十大算法”）
上海市科学技术委员会，上海市科委2025年度关键技术研发计划“计算生物学”项目，2025-08至2028-08, 200万元，在研，参与
国家自然科学基金委员会, 青年科学基金项目, 2024-01-01 至 2026-12-31, 30万元, 在研, 主持
上海市科学技术委员会，上海市青年科技英才扬帆计划，2023-04-01 至 2026-03-31，20万元，在研，主持
中国博士后科学基金会, 博士后站中特别资助, 2023-08 至 2024-11, 18万元, 结题, 主持
中国博士后科学基金会, 中国博士后面上资助二等资助, 2022-12 至 2024-11, 8万元, 结题, 主持
在读博士生1名，硕士生1名，实习生6名
